Doktryna PNKK w RP nie odbiega w sposób zasadniczy od rzymskokatolickiej podobnie jak liturgia.

Wyjątek stanowi nieuznawanie dogmatu o nieomylności papieża w sprawach wiary i moralności. 21.

Kościół nie uznaje wyłączności spowiedzi usznej i praktyki obowiązkowego celibatu duchownych.

Kościół uznaje Papieża, jako pierwszego i najgodniejszego ze wszystkich biskupów katolickich i idąc za przykładem Polskiego Narodowego Katolickiego Kościoła w Stanach Zjednoczonych, dąży do pełnej jedności z Kościołem Katolickim. 

Do Kościoła mogą należeć wszyscy ochrzczeni w nim lub innym Kościele chrześcijańskim, przyjmujący zasady wiary PNKK w RP. Wszystkich wiernych dotyczą też zadania Kościoła, gdyż istnieje powszechna odpowiedzialność za Kościół. 

Wszystkie władze w Kościele pochodzą z wyboru. Reprezentowane są one przez duchownych — biskupi, kapłani, diakoni, zwłaszcza w sferze udzielania sakramentów i oficjalnego nauczania. Oprócz tego istnieje odrębne powołanie zakonne do duchowego życia doskonalszego.

Następnie zasadniczą rolę we władzach Kościoła mają świeccy (z udziałem duchownych) w formie władz i organów kolegialnych – Synod, Rada Kościoła, Zwyczajne i Nadzwyczajne Zgromadzenia Parafialne, Rady Parafialne).

Duchowni nie mają uprawnień do żadnych samodzielnych decyzji w sprawach Kościoła. 

Kościół nie ustanawia nowych dogmatów i nie wydaje nieomylnych orzeczeń. Nieomylnym jest tylko Bóg, natomiast człowiek, tak jeden, jak i wielu może się mylić. Uchwały i wskazania soborów powszechnych (ekumenicznych.) pierwszego Tysiąclecia Kościół przyjmuje, podobnie jak i orzeczenia własnych Synodów.